Está localizado na parte sul da Cordilheira dos Andes, na fronteira entre a Argentina e o Chile. Separa dois parques nacionais: Nahuel Huapi, nas províncias...
O Cerro Tronador é um vulcão geologicamente inativo; sua origem está associada ao processo de formação dos Andes no período Pleistoceno, que começou há aproximadamente 1,3 milhão de anos e terminou há cerca de 34.000 anos.